Frans juga pernah mendapat hukuman penjara lima tahun karena memimpin pemberontakan melawan Belanda di Kabupaten Biak.
Untuk mengenang jasa pengabdiannya, Frans Kaisiepo dianugerahi Bintang Mahaputra Adipradana Kelas Dua oleh pemerintah Indonesia. Dia diangkat secara anumerta sebagai Pahlawan Nasional Indonesia pada peringatan 30 tahun penyerahan Papua ke Indonesia tahun 1993.
Namanya juga diabadikan sebagai Bandar Udara Internasional Frans Kaisiepo di Biak, Papua Barat.
Kaisiepo juga merupakan salah satu tokoh sejarah yang terpilih untuk digambarkan dalam uang kertas rupiah Indonesia edisi 2016 untuk pecahan Rp10.000. Selain itu namanya juga diabadikan di salah satu KRI yaitu KRI Frans Kaisiepo.