TGB melewati jenjang sekolah menengah pertama di Madrasah Tsanawiyah Mu’allimin Nahdlatul Wathan Pancor hanya selama 2 tahun, dan lulus Madrasah Aliyah di yayasan yang sama tahun 1991.
Sebelum memasuki perguruan tinggi ia menjalani pendidikan menghafal Al-Qur’an di Ma’had Darul Qur’an wal Hadits Nahdlatul Wathan Pancor selama setahun (1991-1992).
Kemudian pada tahun 1992 M Zainul Majdi muda berangkat ke Kairo guna menimba ilmu di Fakultas Ushuluddin Jurusan Tafsir dan Ilmu-Ilmu Al-Qur’an Universitas Al-Azhar Kairo. Ia pun berhasil lulus da meraih gelar LC (S1) pada tahun 1996.
Lima tahun berikutnya, ia meraih Master of Art (MA) dengan predikat “Jayyid Jiddan”. Pulang dari Mesir, TGB berdakwah di Pesantren Assyafiiyah Pulo Air milik KH Abdullah Syafii dan kemudian pulang ke Pancor melanjutkan pengelolaan Pondok Pesantren Darunnahdlatain NW Pancor, peninggalan ninik (kakek) beliau sejak tahun 1999 sampai saat ini.
Di bawah asuhan TGB, Pondok Pesantren Darunnahdlatain NW Pancor yang saat itu sempat terpuruk menjadi berkembang pesat baik dari segi fisik, prasarana, sumberdaya dan jumlah santri.