Dikatakannya lagi, bangunan Pasar Lama yang megah pernah rusak berat saat gempa bumi yang melanda Ambon pada 1754. Pembangunan ulang yang dilakukan oleh Hindia-Belanda tidak menyerupai bentuknya yang lama dan tidak semegah sebelumnya.
Saat gempa bumi Tahun 1898, bangunan pasar mengalami sedikit kerusakan dan diperbaiki menjadi lebih permanen, dibangun menjadi beberapa gedung terbuka ditopang tiang dan beratap seng, sehingga tampak seperti pasar terbuka.
Bangunan pasar dibangun dalam bebeberapa bagian untuk pengelompokan barang jualan berdasarkan fungsinya, guna mempermudah warga mendagangkan barangnya dan berbelanja.
"Bentuk bangunan pasar yang dibangun ulang pada 1898 yang sampai sekarang kita gunakan, dipisahkan sesuai fungsinya untuk jualan sayuran, buah, kayu bakar dan lain sebagainya," ujar Andrew Huwae.