Kembalinya Belanda dan VOC ke Maluku membuat masyarakat di Saparua melakukan perlawanan. Tomas Matulessy mendapat kepercayaan dari masyarakat Saparua untuk memimpin perlawanan. Saat itulah dirinya lebih dikenal sebagai Kapitan (kapten) Pattimura.
Pada 14 Mei 1817, Kapitan Pattimura memimpin rakyat Saparua melakukan perlawanan sengit terhadap Belanda dan VOC hingga berhasil merebut Benteng Duursterde.
Keberhasilan Kapitan Pattimura merebut Benteng Duurstede membuat Belanda mengerahkan pasukan lebih besar dan persenjataan modern untuk merebut benteng itu kembali.
Pada 3 Agustus di tahun yang sama, Belanda kembali merebut Benteng Duurstede dan Kapitan Pattimura mulai diburu. Pada 11 November 1817, Kapitan Pattimura ditangkap di Siri Sori.
Pengadilan kolonial Belanda menjatuhkan hukuman mati kepada Kapitan Pattimura dan pengikutnya yang tertangkap. Pada 16 Desember 1817, Kapitan Pattimura meregang nyawa di tiang gantungan Benteng Nieuw Victoria di Ambon.
Perjuangan Kapitan Pattimura telah menjadi semangat perjuangan bagi masyarakat Maluku. Pemerintah Indonesia selain menetapkan sebagai pahlawan nasional, juga mengabadikan Kapitan Pattimura di mata uang.