Setelah Pangdam memberi lampu hijau untuk menyerang perusuh, pukul 05.00 WIT pasukan langsung bergerak kearah Hotel Wijaya II. Serangan pembukan dilakukan dengan granat kejut dan rentetan tembakan. Dengan cepat pasukan masuk dan menyerbu ruangan demi ruangan. Ledakan granat kejut dan rentetan tembakan terdengar di mana-mana.
Sungguh pertempuran kota seperti pertempuran Stalinggrad di Uni Soviet semasa perang dunia II. Pada saat bersamaan, patroli Pangkalan Angkatan Laut (Lanal) Ambon berpatroli memblokir laut mencegah kaburnya perusuh atau datangnya bantuan dari laut.
Pembersihan hotel berlangsung hingga pukul 07.00. Aparat bertekad menangkap mereka hidup - hidup. Beberapa mencoba lari tapi berhasil dikejar di sekitar hotel dan banyak juga yang menyerah tanpa syarat.
Para perusuh sudah setahun menempati Hotel Wijaya II itu dan tidak pernah mengira aparat akan berani masuk menyerbu. Banyak dari mereka yang ditangkap ternyata dalam keadaan mabuk dan sisa - sisa pesta ditemukan dalam hotel.
Tak disangka bahwa saat masyarakat Ambon dicekam ketakutan, ternyata para perusuh justru berpesta pora. Sebagian dari perusuh yang ditangkap adalah warga sipil, mantan tentara dan polisi yang ditangkap atau desersi.
Tim gabungan di lokasi juga menyita revolver, pistol FN 46, Colt 38, serta beragam senapan seperti AK 101, AK 102, Lee Enfield (LE), SKS, MK-1, MK-3, SS-1, M-16, SPR, US Carabine 30mm, Ruger mini, Mauser, senapan dan bom rakitan disertai dokumen berisi catatan serangan dan rencana serangan.