Varian rasa dari onde-onde sudah semakin banyak yang memodifikasinya. Mulanya onde-onde hanya berisi kacang hijau yang dihaluskan. Saat ini yang sedang populer adalah onde-onde dengan isian cokelat. Sehingga sewaktu dimakan, cokelat tersebut akan lumer di mulut.
Selain diganti dengan cokelat, variasi lain dari isian onde-onde, seperti ubi ungu atau bisa juga diganti dengan telur asin. Varian ini disukai bagi yang menyukai rasa asin dan gurih. Mungkin bagi masyarakat awam varian ini dirasa sangat aneh, tapi tidak bagi yang menyukai nya.
Itu dia seputar sejarah dan asal usul onde-onde yang menjadi makanan favorit bagi banyak masyarakat di Indonesia. Walaupun onde-onde ini termasuk dalam jajanan pasar tradisional yang mempunyai harga murah, tetapi rasa dari onde-onde ini sudah terbukti enak sejak zaman dahulu.