Demikian pula Muktamar Cipasung (ke-29) di bawah bayang-bayang upaya intervensi penguasa Orde Baru sehingga suasana muktamar juga sangat “panas”. Sampai tahun 1951, muktamar diselenggarakan tiap tahun, kecuali antara 1941-1946 ketika pendudukan Jepang.
Tidak setiap muktamar pada masa itu dilakukan pergantian pengurus. Akan tetapi, lebih untuk membahas masalah keagamaan dan kemasyarakatan. Awalnya, penyelenggaraan muktamar menggunakan pedoman bulan Hijriyah dan ditetapkan pada bulan Rabi’uts Tsani.
Jika ini dihitung dalam bulan Masehi, penyelenggaraan muktamar kurang dari satu tahun. Karena penyelenggaraan muktamar dilakukan setiap tahun, maka sudah ditunjuk ketua NU penyelenggara muktamar yang tugasnya bekerja menyukseskan muktamar tersebut.
Penyelenggaraan muktamar berjalan dalam rentang 5 tahunan setelah Muktamar ke-26 di Semarang tahun 1979 sampai sekarang. Sebagai kota kelahiran NU, Surabaya merupakan kota tempat penyelenggaraan muktamar paling banyak (6 kali), diikuti Jakarta (3 kali), Solo (3 kali), Semarang (2 kali), Bandung (2 kali), sedangkan kota lainnya baru satu kali.
Sebagian besar acara muktamar diselenggarakan di pesantren dari ulama yang paling dihormati di daerah tersebut. Kembali ke Khittah Pada Muktamar ke-13 di Menes, ada usulan menggemparkan agar NU menaruh wakilnya di Volksraad (dewan rakyat) yang menunjukkan adanya hasrat sebagian anggota untuk terjun ke politik. Usulan ditolak dengan suara 54-4 yang artinya NU memutuskan untuk tidak mencampuri politik.