Sejarah juga mencatat penamaan Kalimantan memiliki keterkaitan dengan peristiwa politik, yaitu saat terjadi konflik Indonesia-Malaysia di tahun 1960.
Borneo yang merupakan penyebutan dari orang Eropa digunakan untuk menyebut pulau secara keseluruhan, yang mana wilayah negara Brunei Darussalam dan juga sebagian Malaysia berada di pulau tersebut. Sedangkan Kalimantan digunakan untuk menyebut bagian pulau yang termasuk wilayah Indonesia.