Awal tahun 1943, Rubini menerima dr Susilo dan Makaliwey yang datang dari Banjarmasin. Mereka menyampaikan jika di Banjarmasin akan ada gerakan melawan Jepang dan meminta Pontianak turut serta.
Rubini pun mulai mengadakan konsolidasi aktivis dan sejumlah tokoh kesultanan untuk melakukan perlawanan terhadap Jepang yang rencananya pada Desember 1943.
Menurut laporan Jepang, Rubini yang dianggap sebagai pemimpin gerakan itu membentuk pasukan bersenjata yang bernama "Soeka Rela".
Koran Borneo Sinbun 1 Juli 1944 memberitakan bahwa Jepang telah mengeksekusi orang-orang yang terlibat dalam komplotan perlawanan. Sebanyak 48 di antaranya dianggap sebagai pemimpin perlawanan, termasuk Rubini dan istrinya, Amalia Rubini.
Nama Rubini telah diabadikan di sejumlah tempat untuk mengenang jasa dan perjuangannya, seperti nama jalan di Kota Mempawah, Pontianak, dan Bandung, serta RSUD di Mempawah. Rubini juga menjadi nama taman di Mempawah.