Pada awal reformasi, ia mengorganisasi simpatisan pendukung Pro Mega dengan membentuk organ Kawulo Alit. Kelak Kawulo Alit menjadi sayap PDI P di Kota Blitar dan berlangsung hingga kini.
Sudah menjadi rahasia umum bagi masyarakat Blitar. Sebelum terjun ke politik, sepak terjang Samanhudi Anwar lebih banyak berada di dunia gelap. Masa lalu Samanhudi lebih banyak menggeluti dunia preman.
Awal karir politik Samanhudi dimulai dari keberhasilannya menjadi anggota DPRD Kota Blitar dan berlanjut menjadi Ketua DPRD Kota Blitar. Pada saat itu Samanhudi menjabat sebagai Ketua DPC PDIP Kota Blitar.
Pada 2010, Samanhudi Anwar berhasil terpilih sebagai Wali Kota Blitar. Ia menggantikan Wali Kota Blitar Djarot Syaiful Hidayat yang sudah menjalani dua periode pemerintahan.
Pada 2014, Blitar di bawah pemerintahan Samanhudi Anwar mendapat penghargaan sebagai kota dengan laporan keuangan terbaik di Indonesia. Pada 2015 Samanhudi yang berpasangan dengan Santoso kembali terpilih sebagai Wali Kota Blitar.
Pada Februari 2018, Samanhudi Anwar dilaporkan istrinya, Echa Paramita, atas dugaan melakukan kekerasan dalam rumah tangga (KDRT). Saat itu, Echa, wanita asal Semarang, belum lama dinikahi Samanhudi. Saat cekcok, Echa mengaku telah dipukul dan diseret.
Kasus dugaan KDRT itu ditangani Polda Jatim. Dua tahun sebelumnya atau 2016, mantan istri Samanhudi Anwar yang bernama Yuli membuat testimoni terkait perlakuan Samanhudi kepada dirinya di media sosial. Testimoni berupa rekaman video itu membuat heboh publik, khususnya masyarakat Blitar.
Pada Juni 2018, Wali Kota Samanhudi Anwar terjaring operasi tangkap tangan (OTT) KPK atas dugaan kasus suap (gratifikasi) proyek pembangunan sekolah. Pada 2019, Pengadilan Tindak Pidana Korupsi Surabaya menjatuhi vonis 5 tahun penjara. Samanhudi terbukti menerima suap sebesar Rp1,5 miliar.