Menjaga perairan Selat Malaka,dan Laut Cina Selatan, menjadi tugas Armada gugus ke-4 Majapahit. Tugas yang diemban sangat berat. Sebab di wilayah perairan tersebut penuh dengan perompak berbahaya. Para perompak itu biasa berpangkalan di sekitar wilayah Campa, Vietnam dan Tiongkok.
Untuk membantu tugas Armada gugus ke-4 Majapahit yang menjaga Selat Malaka, biasanya dibantu armada pertama penjaga Samudera Hindia. Hal ini untuk mengantisipasi adanya perompak yang melarikan diri ke barat laut menyusuri Selat Malaka.
Sementara untuk Armada Laut Selatan, juga bertugas membantu Armada Jawa Majapahit dalam menjaga keamanan kapal-kapal dagang pembawa rempah-rempah yang melewati Selat Sunda sebagai jalur laut yang lebih aman menuju India, dan Timur Tengah. Selain itu, armada Laut Kidul juga bertugas menjaga Selat Bali dan perairan selatan Nusa Tenggara.
Tugas tak kalah berat juga diemban Armada gugus ke-3 Majapahit. Para pasukan laut ini memiliki tugas mengantisipasi masuknya kapal-kapal penyusup dari wilayah Mindanao, Filipina. Selain itu, mereka juga bertugas menjaga kepulauan rempah-rempah Maluku, utamanya saat kekuatan armada Jawa sedang bertugas mengawal Sang Prabu Hayam Wuruk.
Dari seluruh armada gugus Kerajaan Majapahit tersebut, Armada Jawa menjadi kekuatan terbesar armada gugus kapal perang. Hal ini sangatlah wajar, mengingat Armada Jawa bertanggungjawab menjaga pusat Kerajaan Majapahit, sekaligus menjaga jalur laut yang menghubungkan kepulauan rempah-rempah Maluku.