Sementara Armada gugus ke-2 Kerajaan Majapahit yakni kapal perang penjaga Laut Kidul atau sebelah selatan Jawa di bawah pimpinan seorang laksamana putra Bali.
Armada gugus ke-3 bertugas menjaga perairan Selat Makassar dan wilayah Ternate, Tidore, serta Halmahera, di bawah pimpinan seorang laksamana putra Makassar.
Sedangkan Armada gugus ke-4 Majapahit menjaga Selat Malaka dan Kepulauan Natuna di bawah pimpinan seorang laksamana dari Jawa Barat. Dan yang terakhir adalah Armada gugus ke-5 Majapahit menjaga Laut Jawa, sampai ke arah timur hingga kepulauan rempah-rempah Maluku.
Armada gugus ke-5 yang biasanya dipimpin laksamana dari Jawa Timur ini mengibarkan bendera Majapahit dan bendera emas simbol istana Majapahit.
Kapal bendera ditempatkan disetiap armada gugus kapal perang Majapahit yang menjadi tempat kedudukan pimpinan komando tertinggi bagi semua kapal penyerang, kapal perbekalan dan pelindung kapal bendera.