Akibat ketidakpuasannya, Bhayangkara pun melakukan pemberontakan pada tahun 1270. Dalam naskah Negarakertagama, Bhayangkara disebut sebagai Cayaraja, melakukan pemberontakan, tapi berhasil ditumpas oleh Raja Kertanegara.
Di Negarakertagama disebutkan pula terdapat pemberontakan Mahisa Rangkah pada tahun 1280. Mahisa Rangkah merupakan pejabat Kerajaan Singasari yang begitu dibenci oleh rakyat Singasari. Kedua pemberontakan ini berhasil diredam oleh Raja Kertanegara.
Kontroversi lainnya dari sosok Kertanegara yakni dia suka mabuk minum keras (miras). Konon kegiatan itu menjadi bagian dari ritual agama yang diyakininya.
Namun, dibalik kontroversinya, Kertanegara terjadi penyatuan antara agama Hindu aliran Syiwa dengan agama Buddha aliran Tantrayana. Kertanegara pun lebih popular disebut sebagai sosok Bhatara Siwa Buda.
Dikisahkan dalam naskah Negarakertagama Kertanegara telah menguasai semua ajaran agama Hindu dan Buddha. Hal itu pula yang menyebabkan nama Kertanegara disebutkan dalam naskah-naskah kidung sebagai manusia dan raja yang bebas dari segala dosa.