Pada perang ini, Pangeran Puger didukung oleh Adipati Gending, serta Adipati Panjer. Pangeran Puger menuntut daerah Demak hingga ke Tambak Uwos, Jawa Timur sebagai kerajaan sendiri. Agaknya upaya Pangeran Puger ini dalam rangka untuk mengembalikan kejayaan Demak serta Dinasti Majapahit. Tetapi usahanya tidak tercapai.
Panembahan Hanyakrawati mengakhiri perlawanan pemberontakan oleh kakak tirinya dengan mengirimkan Tumenggung Suranata atau Ki Gede Mestaka, pada 1605 Masehi, untuk memadamkan pemberontakan. Peperangan pun dimenangkan oleh Mataram.
Pada 1605, Pangeran Puger pun berhasil ditangkap dan diasingkan ke Kudus. Putra Pangeran Puger kemudian diangkat sebagai Adipati Pati, yang bergelar Adipati Pragola. Kelak adipati inilah yang juga melakukan pemberontakan ke Mataram, yang dikenal dengan pemberontakan Pragola II.