Di sisi lain Amangkurat III membangun pertahanan di Ungaran yang dipimpin oleh Pangeran Arya Mataram, pamannya. Tetapi sayang pamannya ini diam-diam mendukung Pakubuwana I.
Arya Mataram bahkan berhasil membujuk Amangkurat III untuk meninggalkan Kartasura. Ia kemudian bergabung dengan Pakubuwana I yang tidak lain kakaknya sendiri.
Pemerintahan Amangkurat III yang singkat ini konon karena kutukan Amangkurat I terhadap Amangkurat II yang telah meracuni minumannnya ketika melarikan diri saat Kesultanan Mataram runtuh akibat pemberontakan Trunojoyo.
Amangkurat III yang terdesak atas serangan Pangeran Puger pun melarikan diri ke Ponorogo, sambil membawa semua pusaka keraton. Di kota itu, Amangkurat III menyiksa Adipati Martowongso hanya karena salah paham.
Melihat bupatinya disakiti, rakyat Ponorogo pun memberontak. Amangkurat III kemudian lari ke Madiun. Dari sana kemudian dia pindah ke Kediri.