Setelah berhasil memadamkan beberapa pemberontakan, takdir Pangeran Hanyakrawati justru berakhir tragis. Konon ia meninggal dunia saat berburu kijang di Hutan Krapyak pada tahun 1613. Penyebabnya disebabkan karena Mas Jolang mengalami kecelakaan, namun sebagian sumber menyatakan mangkatnya Panembahan Hanyakrawati merupakan suatu konspirasi politik.
Kerajaan Mataram, di bawah pimpinan Panembahan Hanyakrawati selama 12 tahun (601-1613), hanya sibuk mengurus berbagai pemberontakan saudara-saudaranya sendiri, serta ambisi kekuasaan berakhir seiring kematian sang raja. Pada Serat Nitik Sultan Agung, Panembahan Hanyakrawati disebutkan wafat secara misterius pada malam Jumat tanggal 1 Oktober 1613, berdasarkan Babad Sengkala, 1535 Jawa.
Penyebab kematiannya hingga kini tidak diketahui secara pasti, hanya dikisahkan bahwa Panembahan Hanyakrawati meninggal karena kecelakaan berburu kijang di Hutan Krapyak. Sementara itu, Babad Tanah Jawi memberitakan bahwa Panembahan Hanyakrawati meninggal di Krapyak karena sakit parah, tanpa kejelasan tentang penyakitnya.
Sumber lain, Babad Mataram, menyebutkan bahwa Panembahan Hanyakrawati wafat akibat diracun oleh Juru Taman Danalaya, abdi kesayangan raja sendiri. Abdi ini dikisahkan sering kali menimbulkan keonaran di lingkungan dengan menyamar menjadi Raja, sehingga menyesatkan para istri dan selir Raja. Kisah ini juga diinterpretasikan dalam "Suluk yang berisikan wejangan mistik Kanjeng Sunan Bonang pada abdi kesayangan Raja Majapahit.