Tetapi di sisi lain, dinamika jalannya perang ini mulai tidak menguntungkan bagi Pangeran Diponegoro.
Pada Desember 1828, Sentot meminta agar diberi kuasa untuk memimpin seluruh kekuatan pasukan Pangeran Diponegoro di medan tempur sekaligus diizinkan untuk menarik pajak langsung, yang berarti mengabaikan patih.
Pangeran Diponegoro takut, jangan-jangan rakyat kebanyakan bakal ditindas, jika Sentot yang terkenal suka hidup boros itu diizinkan memegang tanggung jawab militer dan pemerintahan dalam satu tangan.
Namun Pangeran Diponegoro lalu meminta pendapat para komandan yang lain. Dia bertanya pada seorang pamannya yakni Pangeran Ngabehi.
Hal ini akhirnya mengganggu batin sang pangeran. Dia sadar bahwa perannya sebagai Ratu Adil mestilah menjamin kebijakan pajak yang ringan dan tersedianya sandang pangan murah.