Di dalam masjid Demak, Sunan Kudus mengeksekusi Siti Jenar. Dalam Historiografi Jawa Tengah dikisahkan jenazah Siti Jenar kemudian diganti dengan bangkai seekor anjing.
Versi lain menyebut, Siti Jenar dihukum mati di Masjid Agung Sang Cipta Rasa Keraton Kasepuhan Cirebon. Jenazah Siti Jenar dimakamkan di area pemakaman Anggaraksa.
Kuburan Siti Jenar kemudian dikisahkan dibongkar dan jenazahnya diganti dengan bangkai anjing. Namun tiba-tiba jenazah Siti Jenar menjelma menjadi sekuntum melati.
Dari perubahan bunga melati yang harum itu, area pemakaman itu mendapat nama Pamlaten.