1. Dihukum Mati Wali Songo
Siti Jenar divonis mati oleh Wali Songo. Berdasarkan Serat Siti Jenar (1917), Babad Purwaredja dan Serat Niti Mani, penyebab dijatuhkannya hukuman mati karena ajaran Siti Jenar dianggap menyesatkan.
Untuk menghabisi Siti Jenar, Carita Purwaka Caruban Nagari menyebut, Sunan Kudus menggunakan keris pusaka Kanthanaga.
Pusaka itu milik Susuhunan Jati Purba atau Syekh Datuk Kahfi atau Sunan Gunung Jati yang dipinjam Sunan Kudus.
Pembunuhan yang berlangsung pada 1505 Masehi itu dilakukan di dalam Masjid Agung Sang Cipta Rasa Keraton Kasepuhan Cirebon. Jasad Siti Jenar dimakamkan di Mandala Anggaraksa, Cirebon.
2. Bukan karena Ajaran Sesat
Versi lain menyebut, hukuman mati yang harus diterima Siti Jenar bukan lantaran ajaran sesat. Ajaran manunggaling kawula gusti yang diajarkan Siti Jenar tidak sesat.