Pasukan Trunajaya pun menghimpun kekuatan, apalagi didukung dengan adanya pemberontakan di pedalaman Jawa Timur dan Jawa Tengah ternyata lebih berhasil. Masa-masa kelam di Ibu Kota Mataram Plered pun tiba. Pada Juni 1677, keraton yang baru dibangun dengan susah payah mengerahkan puluhan ribu rakyat, porak-poranda karena amukan para kaum pemberontak.
Jatuhnya Plered oleh pasukan pemberontak di bawah pimpinan Trunajaya, membuat Amangkurat I melarikan diri dalam kondisi sakit. Selain itu, dalam situasi genting dan mengerikan ini, Amangkurat I dilanda krisis kepercayaan dari para pangeran kerajaan. Alih-alih membantu raja untuk menghalau serangan para pemberontak, para pangeran yang mulai berani menujukkan ketidaksukaannya terhadap Amangkurat I itu justru menghalangi perlawanan dengan baik.
Pemberontakan lima hari mulai 28 Juni hingga 3 Juli 1677 membuat Ibu Kota Plered porak-poranda. Bangunan-bangunan megah istana yang dibangun oleh puluhan ribu rakyat Mataram sia-sia karena dihancurkan pasukan pemberontak.
Danau buatan, istana megah dari batu bata, hingga kompleks Ibu kota Plered, yang dibuat selama kurang lebih 20 tahun hancur. Pasukan pemberontak juga merampas sejumlah harta benda Kerajaan Mataram dari ibu kotanya. Tak hanya barang dan harta benda yang dirampas oleh pemberontak, para putri-putri dari abdi dalem keraton perempuan yang cantik-cantik turut dibawa kaum pemberontak.
Amangkurat I yang sudah tua saat itu memutuskan melarikan diri. Ia dan sejumlah pengikutnya terseok-seok menuju kompleks makam Imogiri untuk melarikan diri dari kejaran pemberontak, yang dipimpin Trunajaya. Amangkurat I kemudian melanjutkan pelariannya hingga akhirnya meninggal di Bumiayu.