Sebagai tabib, Maulana Malik Ibrahim pernah diundang untuk mengobati istri raja Majapahit yang berasal dari Champa atau Cempa. Maulana Malik Ibrahim juga mengajarkan cara-cara baru bercocok tanam untuk merangkul masyarakat bawah atau kasta yang disisihkan dalam komunitas Hindu.
Maka sempurnalah misi pertamanya, yaitu mencari tempat di hati masyarakat di sekitar, yang ketika itu tengah dilanda krisis ekonomi dan perang saudara. Pertama-tama yang dilakukan oleh Maulana Malik Ibrahim adalah mendekati masyarakat melalui pergaulan dan berdagang.
Budi bahasa yang ramah senantiasa diperlihatkannya di dalam pergaulan sehari-hari. Syekh Maulana Malik Ibrahim tidak menentang secara tajam agama dan kepercayaan yang hidup dari penduduk asli, melainkan hanya memperlihatkan keindahan dan kabaikan yang dibawa oleh agama Islam.
Berkat keramah-tamahannya, banyak masyarakat yang tertarik masuk ke dalam agama Islam. Melalui berdagang beliau dapat berinteraksi dengan masyarakat banyak, selain itu raja dan para bangsawan dapat pula turut serta dalam kegbeliautan perdagangan tersebut sebagai pelaku jual-beli, pemilik kapal atau pemodal.
Setelah cukup mapan di masyarakat, Maulana Malik Ibrahim kemudian melakukan kunjungan ke Ibu kota Majapahit di Trowulan. Raja Majapahit meskipun tidak masuk Islam tetapi menerimanya dengan baik, bahkan memberikannya sebidang tanah di pinggiran kota Gresik.
Wilayah itulah yang sekarang dikenal dengan nama desa Gapura. Demikianlah, dalam rangka mempersiapkan kader untuk melanjutkan perjuangan menegakkan ajaran Islam, Maulana Malik Ibrahim membuka pesantren di daerah itu, yang merupakan kawah condrodimuko bagi estafeta perjuangan agama Islam di masa-masa selanjutnya. Hingga saat ini makamnya masih diziarahi oleh berjuta-juta umat Islam di Indonesia.
Setiap malam Jumat Legi, masyarakat setempat ramai berkunjung untuk berziarah. Ritual ziarah tahunan atau haul juga diadakan setiap tanggal 12 Rabi'ul Awwal. Pada acara haul itu dilakukan khataman Al-Quran, mauludan (pembacaan riwayat hidup Nabi Muhammad), dan dihidangkan makanan khas bubur yang bernama harisah.