Perlahan wibawa Giri Kedaton pun memudar. Pengganti Sunan Kawis Guwa tak lagi bergelar Sunan Giri, namun Panembahan Ageng Giri.
Gelar tersebut lalu memengaruhi penguasa Kerajaan Tanjungpura di Kalimantan Barat ketika memeluk Islam dengan menggunakan gelar Panembahan Giri Kusuma.
Runtuhnya Kerajaan Giri Kedaton terkait dengan ramalan Sunan Giri yang meramalkan anak keturunan Ki Ageng Pamanahan bakal menjadi raja besar dan menguasai Pulau Jawa.
Mirisnya, anak keturunan Ki Ageng Pamanahan itulah yang menghancurkan Kerajaan Giri Kedaton yang pernah dia dirikan.