Gejolak pun melanda Mataram saat Hanyakrawati atau Raden Mas Jolang memimpin. Pemberontakan di daerah-daerah kekuasan yang dilancarkan kian membuat Hanyakrawati tertekan di kursi kepemimpinannya.
Para adipati di daerah ingin segera melepaskan diri dari kekuasaan Mataram. Dua pemberontakan yang terkenal di masa kepemimpinan Raja Hanyakrawati di Mataram yakni pemberontakan Adipati Demak yang dipimpin oleh Pangeran Puger, serta pemberontakan Ponorogo, yang digerakkan oleh Pangeran Jagaraga.
Menariknya kedua pemimpin pemberontakan itu adalah perwira militer yang mengabdi cukup setia di masa kepemimpinan Panembahan Senopati. Hanyakrawati harus menghadap saudara tirinya sendiri Pangeran Puger dalam perebutan tahta Mataram.
Bahkan Pangeran Puger yang juga saudara tiri Hanyakrawati ini juga pernah menjadi pemimpin pasukan Mataram ke Surabaya, di masa kepemimpinan ayahnya Panembahan Senopati. Satu tahun menjadi raja, Hanyakrawati tampak kerepotan mengendalikan kekuasaannya.
Beragam pemberontakan muncul, peperangan pun harus dihadapi Mataram. Di sisi lain, tuntutan untuk meluaskan kekuasaan menjadikannya dibuat kerepotan.