Namun kondisi kesehatan guru agama itu sudah sedemikian buruk dan ia tutup usia tanpa pernah melihat keluarganya lagi. Perlakuan terhadap Kiai Murmo ini bukanlah sesuatu yang istimewa. Nahuys bahkan merasa bangga dengan taktik "tangan besi" itu, di mana ia tak segan-segan memerintahkan penangkapan seorang ulama saat ia sedang mengajar di pesantren.
Sikap semacam ini berkembang semakin kuat menyusul pecahnya Perang Jawa, masa dimana para santri- pemuda Muslim yang sedang belajar agama dapat dijatuhi hukuman mati hanya karena diduga sebagai simpatisan pro-Diponegoro. Di sisi lain, kasus penangkapan Murmo menandai sebuah tahap penting, yakni merosotnya hubungan Diponegoro dengan penguasa kolonial Belanda.
Pengasingan selama enam tahun antara 1816-1824 dan kematian kiai-dari senile dementia (lemah ketuaan), yang berpengaruh ini betul-betul mengguncang jiwa dan menumbuhkan keyakinan pada diri Pangeran bahwa para pejabat jenis baru Belanda pasca-1816 dan para penyewa tanah betul-betul kurang menghormati Islam.