Kendati mendapat undangan langsung dari Soekarno, Imam Soedja'i memilih tak berangkat ke Yogyakarta. Ia memutuskan tinggal di Malang mempersiapkan pasukan bertempur di Surabaya bersama KH. Masjkur dan sejumlah tokoh pejuang lain.
Dalam proses pemilihan panglima TKR yang kini menjadi TNI pada konferensi 12 November 1945 di Yogyakarta, terpilihlah satu nama yakni Soedirman yang kala itu berpangkat kolonel
"Seandainya Imam Soedja'i tidak berangkat ke Surabaya, mungkin dia dipilih jadi panglima TKR, tapi Imam Soedja'i memilih lebih bertempur dengan pasukannya, membantu rakyat Surabaya. Itu pengorbanan yang luar biasa, Imam Soedja'i ini juga sahabat dekatnya Bung Karno," ucap Agung.