Dari hasil pernikahannya, Kertanagara memiliki beberapa orang putri yang kemudian dinikahkan dengan Raden Wijaya atau Dyah Wijaya. Raden Wijaya yang akhirnya nanti mendirikan Kerajaan Majapahit dari putra Mahisa Campaka versi Pararaton, atau Rakryan Jayadarma dan Dyah Lembu Tal versi Pustaka Rajyarajya i Bhumi Nusantara), Ardaraja (putra Jayakatong/Jayakatwang dan Terukbali) dari Dhaha (Gelang- gelang).
Selama menjabat sebagai raja di Singhasari, Kertanagara telah menyatukan agama Hindu aliran Siwa dengan agama Buddha aliran Tantrayana. Sebab itu dalam Pararton, Kertanagara dikenal dengan nama Bhatara Siwa Buddha.
Sementara dalam Nagarakretagama, Kertanagara yang menyatukan kedua agama itu mendapatkan gelar Sri Jnanabajreswara. Berdasarkan kisah tertulis pada naskah-naskah kidung, Kertanagara mentasbihkan dirinya sebagai manusia terbebas dari segala dosa. Dia juga sering melaksanakan ritual agama dengan berpesta minuman keras.
Sayang ritualnya itulah yang akhirnya membuat Kertanagara harus tewas secara tragis. Ketika itu muncul pemberontakan dari Jayakatwang dari Gelang-gelang. Kertanagara tewas dibunuh dalam serangan tersebut ketika sedang pesta minuman keras (miras) saat ritual bersama pejabat-pejabat Singasari lainya, mulai dari Patih Mpu Raganata, Patih Kebo Anengah, Panji Aragani dan Wirakreti. Sementara itu, Dyah Wijaya melarikan diri ke Sumenep.
Satu-satunya bukti sejarah yang menunjukkan keberadaan Kertanagara dalam konteks penyatuan agama Siwa-Buddha yakni patung Jina Mahakshobhya (Buddha) yang terdapat di Taman Apsari, Surabaya.