Tidak sedikit tanah juga milik pengurus partai NU, PNI dan Masyumi. Keberanian berlebih para aktivis BTI PKI itu dipengaruhi adanya pimpinan PKI yang duduk di kementerian.
“Semangat PKI BTI dalam melakukan landreform ini semakin berkobar setelah salah seorang pimpinan PKI yaitu Njoto diangkat sebagai Menteri Urusan Landreform”.
Keberpihakan Subandrio terhadap PKI bukan terjadi pada saat itu saja. Jauh sebelumnya Subandrio yang juga menjabat wakil perdana menteri kerap membuat kebijakan yang menguntungkan PKI dan memojokkan lawannya, terutama Angkatan Darat.
Salah satunya informasi penemuan dokumen Gilchrist jelang G30S PKI yang di kemudian hari ternyata palsu. Penemuan yang disampaikan Subandrio secara politik menguntungkan PKI sekaligus memojokkan Angkatan Darat.
Subandrio juga menghembuskan isu Dewan Jenderal di mana PKI kemudian membentuk Dewan Revolusi guna mengganyang perwira tinggi AD yang tidak loyal kepada Soekarno atau Bung Karno.
Atas kebijakannya yang selalu berat sebelah itu, Subandrio dicap sebagai kader PKI meski dirinya pernah menyatakan sejak tahun 1940 sudah menjadi kader PSI (Partai Sosialis Indonesia).
Namun, tak lama setelah itu, karier politik Subandrio sebagai Kepala BPI berakhir pascaperistiwa G30S PKI. Pada 12 Maret 1966 PKI dibubarkan dan dinyatakan sebagai partai terlarang. Pada enam hari kemudian atau 18 Maret 1966, Subandrio bersama 12 menteri lain, ditangkap dan ditahan.