Maka setelah selesai menjalani tirakat, pada tahun 1627, pemegang kekuasaan Mataram pasca Pangeran Hanyokrowati, dialihkan ke Sultan Agung yang bernama Prabu Hanyokrokusuma. Setelah menyerahkan kekuasaan Mataram ke Pangeran Hanyokrokusuma, Pangeran Martopuro pergi meninggalkan kerajaan Mataram menuju Ponorogo.
Ketika Hanyokrokusuma masih menjalani tirakat, atas permintaan rakyat, wakil dari Pangeran Adipati Anom, yaitu Pangeran Purboyo memerintahkan penghulu Ketegan untuk mencari Pangeran Hanyokrokusuma tersebut. Akhirnya ditemukanlah sang pangeran yang sedang bertapa di Gunung Kidul. Ia kemudian dibawa pulang ke kerajaan.
Tak lama kemudian Sultan Agung akhirnya diangkat menjadi raja Kerajaan Mataram. Beliau termasuk raja yang cerdik dan pandai. Hal ini membuat rakyatnya begitu menghormatinya, bahkan dikisahkan makhluk halus serta jin takluk dan tunduk atas kekuasaannya dan Negeri Mataram terkenal sebagai pelindung rakyat dari beragam penyakit.
Karena kebijaksanaan dan kewaskitaannya yang tinggi, maka konon setiap hari Jumat, beliau dapat pergi sujud ke Mekkah dengan secepat kilat. Sesudah lima tahun ia memerintah, kerajaannya dipindahkan ke Kerta-Plered dan selanjutnya Kanjeng Sultan ingin memulai membuat makam di Pegunungan Girilaya yang terletak di sebelah Timur Laut Imogiri yang dipergunakan sebagai makam raja.