Kekuasannya berhasil berakhir karena serangan Panembahan Senopati dari Mataram ini. Akibat gelombang ekspansi dari Mataram di bawah pimpinan Panembahan Senopati, Jepara berhasil dikuasai Mataram dan Kota Kalinyamat pun dihancurkan.
Serangan Panembahan Senopati ini tidak diketahui tentang nasib keluarga penguasa dan orang-orang penting Jepara waktu itu. Sejak saat itu, Jepara kemudian menjadi bagian dari Kerajaan Mataram dengan dipimpin oleh pejabat setingkat bupati yang ditunjuk oleh Kesultanan Mataram.
Versi kedua dari Kutho Bedah, berarti kota yang meledak atau runtuh. Hal ini karena tempat tersebut dulunya merupakan bagian dari kota Kerajaan Kalinyamat dan wilayah tersebut berada di dalam tembok benteng Kerajaan Kalinyamat.
Selain itu di masa penjajahan, kota ini juga pernah diserang bom oleh Belanda, sehingga luluh lantak. Maka atas peristiwa bombardir dari kaum kolonial, kota disebut kota yang runtuh, dalam bahasa disebut Kutho Bedah.