Sedangkan pusat keraton yakni Siti Inggil di Kriyan, sedangkan Kerajaan Kalinyamat terdapat di daerah Kalinyamatan, sekarang Kalinyamatan berubah menjadi kecamatan di Kabupaten Jepara.
Mengenai peristiwa Bedahe Kalinyamat, terdapat dua versi. Versi pertama, Kutha Bedah berasal dari dua kata kutho dan bedah. Kutho berasal dari kata Sanskerta yang berarti benteng. Sedangkan bedah berasal dari kata Jawa, yang berarti roboh.
Dengan demikian, istilah Kutho atau Kutha Bedah, berarti benteng roboh. Kutha Bedah ini dalam sejarahnya merupakan tempat terjadinya peristiwa Bedahe Kalinyamat, sebuah tembok benteng Kerajaan Kalinyamat, yang roboh, akibat serangan Panembahan Senopati dari Kesultanan Mataram yang saat itu menduduki wilayah Jepara.
Peristiwa itu berhasil membuat Mataram menguasai Jepara yang sebelumnya begitu susah dilakukan. Hal ini disebabkan karena sebuah benteng kerajaan yang kokoh dan adanya penjagaan ketat dari para prajurit hebat.
Pada saat Mataram telah memporak-porandakan benteng Kerajaan Kalinyamat, kerajaan di Jepara ini sudah tidak dipimpin oleh Sang Ratu, tetapi oleh Pangeran Arya Jepara (anak Sultan Maulana Hasanudin dari Kesultanan Banten). Dia tercatat pernah berusaha menduduki takhta Banten dan berhasil menduduki Bawean sampai tahun 1599.