“Pidato Amir melalui radio Madiun menolak tuduhan kudeta kaum komunis di Madiun dan berusaha meredakan suasana”.
Pemerintahan Soekarno kukuh menganggap peristiwa Madiun yang berhasil dipadamkan sebagai upaya pemberontakan. Amir yang menjalani interview di penjara Kudus pada 2 Desember 1948, tetap menyangkal tuduhan kudeta yang direncanakannya.
Dua hari kemudian atau 4 Desember 1948, Amir bersama dua koleganya dipindah ke rumah tahanan di Benteng Yogyakarta. Sebelumnya ia diarak keliling kota sebagai pesakitan politik.
Masih di bulan Desember 1948, Amir secara diam-diam dibawa ke Solo, Jawa Tengah. Dia diangkut dengan truk bersama sebelas orang tahanan politik lain.
Pada tengah malam 19 Desember 1948, Amir Syarifuddin, bekas perdana menteri dan menteri pertahanan RI, dieksekusi di wilayah Desa Ngalihan dekat Solo. Ia pesakitan pertama yang menjalani eksekusi tembak mati.
“Amir Syarifuddin ditembak kepalanya dengan pistol oleh seorang letnan Polisi Militer, sebuah satuan khusus dalam Angkatan Bersenjata Indonesia,” demikian dikutip dari Mencari Kiri, Kaum Revolusioner Indonesia dan Revolusi Mereka.