Sultan Pajang juga memerintahkan para bupati di daerah perbatasan untuk dikumpulkan. Pengumpulan itu mendukung suplai pasukan dan logistik melawan Mataram. Tak kurang 10.000 orang prajurit Pajang dipersiapkan, Pangeran Benawa naik kuda di belakang ayahnya yang duduk di atas gajah. Di Prambanan mereka berhenti dan memperkuat pertahanan dengan meriam.
Kiai Adipati Mandaraka atau Ki Juru Martani, penasihat politik Senopati yang melihat potensi terjadinya pertempuran besar, mendesak Senopati agar pergi ke Gua Langse atau Gua Roro Kidul. Sementara dia sendiri akan pergi ke Gunung Merapi untuk memohon bantuan.
Setelah kembali dari Gua Langse, Senopati mengumpulkan 1.000 prajurit, 300 orang di antaranya ditempatkan di sebelah selatan Prambanan.
Mereka mendapat perintah, begitu terdengar suara letusan keluar dari Gunung Merapi harus segera memukul canang benda pusaka Kiai Bicak dan berteriak-teriak. Sebagai panglima di lapangan diangkat Tumenggung Mayang.
Pertempuran terjadi di dua tempat, pasukan Mataram pura-pura melarikan, tetapi orang-orang Pajang yang mengejarnya tiba-tiba diserang pasukan Mataram dari dua arah dan diceraiberaikan. Gelap malam menghentikan pertempuran itu, kedua kubu kembali ke pertahanan masing-masing.
Malam itu Gunung Merapi meletus di tengah-tengah kegelapan, hujan lebat, hujan debu, gempa bumi, banjir, dan gejala alam lain yang menyeramkan. Orang Mataram memukul canang Ki Bicak. Banjir menggenangi kubu Pajang, yang memaksa mereka melarikan diri dalam kebingungan, Sultan Pajang pun terseret dalam kekacauan itu.
Orang - orang Pajang, yang suka takhayul, tetapi mereka sudah banyak kehilangan semangat karena terpukul di medan perang. Apalagi setelah melihat alam mengamuk, kehilangan sama sekali sisa semangat juangnya dan lari tunggang langgang. Pasukan melimpah Kerajaan Pajang itu akhirnya kalah.