Meski tidak turun langsung ke medan perang, perjuangan Mbah Kholil tak bisa dianggap kecil. Dia memilih jalur pendidikan, mencetak kader-kader ulama pejuang yang kelak berperan penting dalam sejarah bangsa.
Beberapa murid terkenalnya antara lain KH Hasyim Asy’ari, KH Wahab Hasbullah, KH Maksum Lasem dan KH Bahar Sidogiri. Melalui mereka, Syaikhona Kholil Bangkalan membentuk jaringan perlawanan kultural dan spiritual terhadap penjajahan.
Dia membekali para murid dengan ilmu agama, keteguhan iman dan semangat nasionalisme. Menjadikan pesantren sebagai benteng perlawanan dan pusat kebangkitan umat.
Hingga kini, nama Syaikhona Kholil Bangkalan tetap disegani dan dikenang oleh masyarakat Indonesia. Sosoknya menjadi simbol ulama pejuang yang tak hanya mengandalkan ilmu, tetapi juga karomah sebagai pertolongan Allah SWT.
Cerita tentang lebah gaib dan kerikil jadi bom bukan sekadar mitos, tapi menjadi bagian dari sejarah spiritual bangsa yang terus hidup di hati umat Islam.