Meski demikian, Yusharto menilai masih terdapat sejumlah tantangan dalam pengembangan inovasi di Indonesia. Dia menyebutkan tiga persoalan utama yang masih dihadapi, yakni keterbatasan pendanaan inovasi, lemahnya hilirisasi inovasi, dan belum kuatnya budaya inovasi di antara para pemangku kepentingan.
"Syukurnya bulan Januari kemarin (2026) Bapak Presiden telah menambahkan alokasi anggaran untuk meningkatkan pengembangan inovasi. Harapannya ini nanti akan berdampak baik terhadap iklim inovasi kita ke depannya," ujarnya.
Selain itu, dalam rangka memperkuat ekosistem inovasi, Yusharto juga turut mendorong pemerintah daerah membangun kolaborasi pentahelix yang melibatkan pemerintah, perguruan tinggi, industri, dan masyarakat. Menurutnya, inovasi tidak dapat berkembang secara optimal tanpa sinergi antarpemangku kepentingan.
Dirinya juga berharap Kota Mojokerto dapat terus mempertahankan budaya inovasi sekaligus menjadi contoh bagi daerah lain dalam menghadirkan pelayanan publik yang lebih cepat, mudah, efektif, dan adaptif terhadap perkembangan teknologi serta kebutuhan masyarakat.