Soeharto lantas memerintahkan Amir Mahmud, Menteri Perindustrian Dasar Mayor Jenderal M Yusuf, dan Menteri Urusan Veteran dan Demobilisasi Mayor Jenderal Basuki Rahmat untuk menemui Bung Karno di Bogor.
Pada 11 Maret 1966 petang, mereka berhasil menemui Bung Karno. Presiden Soekarno didampingi Subandrio, Chaerul Saleh, Leimena dan Hartini, istrinya.
Terjadi diskusi serius dan cukup alot terkait proses lahirnya Supersemar. Perundingan kedua belah pihak berlangsung cukup menegangkan.
Sampai pukul 19.30 WIB, Bung Karno akhirnya bersedia menandatangani Supersemar, yang intinya memberikan mandat kepada Soeharto untuk mengambil segala tindakan yang dirasa perlu demi stabilitas negara.
Terbitnya Supersemar merupakan awal berakhirnya kekuasaan politik Bung Karno. Pada 12 Maret 1966, yakni sehari setelah Supersemar terbit, Soeharto langsung membubarkan PKI beserta seluruh organisasi yang berafiliasi di dalamnya.