Mengingat kedua pemimpin pasukan Mataram itu gagal menjalankan tugasnya. Pada peristiwa itu sendiri VOC menemukan 744 mayat pasukan Mataram yang sebagian besar tewas tanpa kepala. Mataram gagal di serangan pertama.
Namun kegagalan serangan pertama tak membuat Sultan Agung kapok. Sultan Agung melancarkan serangan keduanya. Sultan Agung mengirim pasukan Mataram I di bawah komando Adipati Ukur pada Mei 1629 Masehi. Sementara pasukan Mataram II di bawah komando Adipati Juminah pada Juni 1629 masehi. Total pasukan Mataram adalah 14.000 orang.
Berkaca pada kegagalan penyerangan pertama, Mataram mulai mengantisipasi kegagalan tersebut dengan membangun lumbung-lumbung beras baik di Karawang dan Cirebon. Namun VOC berhasil memusnahkan lumbung-lumbung itu. Serangan kedua itu pun juga mengalami kegagalan.
Namun siasat Sultan Agung tergolong cerdik, dia membendung dan mengotori Sungai Ciliwung yang menjadi sumber air utama VOC. Dari sana lah wabah kolera muncul, hingga menewaskan banyak orang VOC, termasuk di antaranya Jenderal J P Coen, yang juga meninggal dunia.