Upaya berikutnya yakni membangkang kepada Sultan Hadiwijaya. Dikisahkan sejak dilantik menjadi Raja Mataram, Senapati bertekad untuk menjadi merdeka dari Pajang. Bahkan Senapati tidak menghadap Sultan Hadiwijaya sejak setahun dilantik.
Terbukti Sultan Hadiwijaya akhirnya mengutus Ngabehi Wilamarta dan Ngabehi Wuragil ke Mataram pada tahun 1576 Masehi. Kedatangan dua utusan Pajang ini untuk menanyakan kenapa tidak pernah datang ke Pajang, kendati telah menjabat selama satu tahun.
Upaya utusan Sultan Hadiwijaya yang tak membuahkan hasil menjadikan Pajang hangat. Sultan Hadiwijaya memerintahkan Arya Pamalad atau Adipati Tuban, Pangeran Banawa, dan Patih Mancanagara untuk datang ke Mataram, melakukan penyelidikan.
Panembahan Senapati telah menyiapkan pasukan untuk berperang. Hal ini demi merealisasikan keinginan untuk kemerdekaan Mataram dari Kerajaan Pajang. Penyiapan pasukan ini untuk mengantisipasi bila sewaktu-waktu Pajang melakukan penyerangan ke Mataram.
Langkah terakhir yakni menempuh cara spiritual dalam upaya mendekatkan Mataram dari Pajang. Panembahan Senapati memilih mendekatkan diri dengan para penguasa Gunung Merapi dan Laut Selatan atau Ratu Kidul.
Upaya ini disebut terbukti saat Mataram berperang melawan Pajang pada 1582 Masehi. Diceritakan pada Babad Tanah Jawa, kekalahan Pajang bukan karena pasukan Mataram, melainkan bantuan dari pasukan Keraton Kidul dan Gunung Merapi.