Keputusan akhir semua usulan untuk mengizinkan pangeran tetap berada di Pulau Jawa ditolak, sang pangeran diganti dengan hukuman pengasingan seumur hidup. Hal ini disebut demi "kedamaian" Pulau Jawa Diponegoro harus diperlakukan sebagai tahanan negara.
Pada akhirnya Sang Pangeran Diponegoro benar-benar diasingkan dengan dikirim menggunakan kapal ke Manado. Setidaknya ada 50 serdadu yang ditugaskan mengawal Pangeran Diponegoro dalam pelayaran dengan kapal ke Manado. Begitu juga ketika tiba nanti di tujuan residen wajib menyediakan pasukan dalam jumlah yang cukup, untuk memastikan pangeran tidak bakal kabur.
Karena statusnya sebagai tahanan negara, status kebangsawanannya dan tingkat pelanggarannya sang pangeran diberikan uang sebanyak 600 gulden. Uang itu digunakan sebagai tunjangan bulanan sebagaimana yang diterima Sultan Hamengkubuwana II saat diasingkan di Ambon pada tahun 1817-1825.
Putra-putri pangeran tak ada yang ikut. Mereka diizinkan untuk kembali hidup di Tegalrejo oleh Van den Bosch dengan catatan tidak membahayakan Tanah Jawa. Para keluarga hanya diberikan draf dokumen untuk pembagian keris dan tombak pusaka Pangeran Diponegoro yang diasingkan di Makassar.
Kapten Roeps menjadi pengawal Belanda yang ditugaskan mengatur warisan pembagian keris dan tombak pusaka Pangeran Diponegoro untuk membagikan kepada para anggota keluarga sang pangeran. Konon dari sejumlah keris dan pusaka sang pangeran hanya keris pribadi Diponegoro, Kiai Ageng Bondoyudo yang tetap berada di tangan sang pangeran sampai akhir hayat. Menurut saksi dari keluarga Pangeran Diponegoro di Makassar, keris itu ikut dikuburkan bersama pangeran di pemakaman Kampung Melayu.