Memasuki babak kedua, Persis tetap menampilkan bermain cepat dan menarik. Namun Persebaya berhasil memperkecil kekalahan pada menit 52 melalui tendangan M Iqbal yang lolos sendirian dan berhadapan dengan kiper Gianluca Pandeynuwu, sehingga kedudukan menjadi 3-1.
Selanjutnya Persebaya menaikkan tempo permainan untuk mengejar ketinggalan dan kembali mencetak gol ke gawang Persis melalui tendangan M Iqbal pada menit 59 dan kedudukan menjadi 3-2, masih untuk keunggulan tim tuan rumah.
Persebaya mampu menyamakan kedudukan menjadi imbang 3-3 pada menit 79 melalui tendangan Toni Firmansyah, setelah lolos sendirian dan hanya berhadapan dengan kiper Gianluca Pandeynuwu.
Persebaya justru unggul atas tuan rumah Persis menjadi 3-4 melalui tendangan kaki, Ferdinand Sinaga, pada menit 84..
Kedudukan 3-4 untuk Persebaya Surabaya tersebut bertahan hingga wasit yang memimpin pertandingan Eristo Chesa R, meniup peluit panjang tanda babak kedua berakhir.