Sesudah pengakuan kedaulatan dari Belanda, jabatan Bupati diserahterimakan kepada M. Sumardjito. Penggantinya adalah R. Oetojo Koesoemo (1952-1956). Kedudukannya sebagai bupati Semarang bukan lagi mengurusi kota melainkan mengurusi kawasan luar Kota Semarang.
Hal ini terjadi sebagai akibat berkembangnya Semarang sebagai Kota Praja. Dampak dari perkembangan Semarang sebagai Kota Praja adalah Masjid Agung Semarang yang sebelumnya menjadi urusan Bupati Semarang diserahkan kepada wali kota Semarang. Sehingga pada tahun 1950, wali kota Semarang RM Hadi Soebeno Sosrowerdojo (1951-1958), melakukan upaya pembangunan serambi guna menambah kapasitas tempat sholat.
Pada tahun 1962 atas desakan umat Islam, karena adanya aksi-aksi penjarahan oleh PKI/BTI terhadap aset-aset masjid, maka pemerintah Republik Indonesia memberikan status hukum tersendiri terhadap Masjid Agung Semarang, yaitu dengan diterbitkannya Keputusan Menteri Agama Nomor 92/Tahun 1962, Masjid Agung Semarang bersama-sama dengan Masjid Agung Demak, Kaliwungu dan Kendal dinyatakan sebagai masjid wakaf dan sebagai nadzirnya ditunjuk Badan Kesejahteraan Masjid (BKM) yang merupakan salah satu lembaga di bawah Departemen Agama.
Semasa pemerintahan Orde Baru, Masjid Agung Semarang telah berulang kali mengalami perbaikan dan penyempurnaan. Pada tahun 1979-1980 memperoleh dana bantuan presiden sebesar Rp 10 juta yang dialokasian untuk perbaikan atap dan interior masjid.
Kemudian bantuan dari Presiden diterima lagi pada tahun197-1988 sebesar Rp150 juta yang dialokasikan untuk biaya pemugaran total terhadap serambi Masjid. Wali kota Semarang, Kol. H. Imam Soeparto Tjakrajoeda SH (1980-1990) secara khusus juga menaruh perhatian terhadap Masjid Agung Semarang.