Setelah keduanya mewarisi ilmu dari Mbah Bantarbolang dan menjadi orang sakti yang konon mampu menerawang sebuah peristiwa di masa depan, keduanya pun diuji oleh sang guru, guna mencari penerus pemimpin Padepokan.
Dengan diam-diam, Mbah Bantarbolang meninggalkan Padepokan bermaksud untuk memberikan kesempatan kepada kedua muridnya yaitu Syekh Pandan Jati dan Syekh Palintaran untuk memimpin Padepokan secara bersama-sama.
Namun kepergian Mbah Bantarbolang membuat mereka merasa kehilangan. Semua muridnya berusaha mencarinya. Syekh Pandan Jati yang memiliki mata batin lebih tajam dari murid yang lain akhirnya berhasil menemukan keberadaan gurunya.
Semua murid di Padepokan itu meminta Mbah Bantarbolang untuk kembali, namun beliau tidak mau dan meminta kepada Syekh Pandan Jati untuk memimpin Padepokannya. Sebagai murid yang berbakti, Syekh Pandan Jati pun melaksanakan titah sang guru untuk memimpin Padepokan tersebut, hingga akhir hayatnya.
Sebagian masyarakat menyebut tempat itu (Makam Syekh Pandan Jati) hanyalah sebuah petilasan. Namun sebagian lagi meyakini itu makam Syekh Pandan Jati.
Berdasar dari beberapa sumber, konon Syekh Pandan Jati berkelana ke wilayah selatan untuk menyebarkan agama Islam dan kemudian kembali ke Mataram. Dia diterima di Mataram setelah diketahui bahwa tuduhan korupsi kepadanya itu keliru atau tidak benar.