Seketika Ali sembuh total seolah-olah tidak tertimpa sakit sebelumnya. Kemudian Rasulullah shallallahu ‘alaihi wa sallam menyerahkan bendera kepadanya. Lalu Ali berkata, “Wahai Rasulullah, aku memerangi mereka sampai mereka menjadi seperti kita.”
Rasululah bersabda, “Majulah dengan tenang, sampai engkau tiba di tempat mereka. Kemudian ajaklah mereka kepada Islam dan sampaikanlah hak-hak Allah yang wajib mereka tunaikan. Demi Allah, sekiranya Allah member petunjuk kepada seseorang melalui dirimu, sungguh lebih berharga bagimu daripada memiliki onta-onta merah.” (HR. Muslim no. 4205).
Setelah Rasullulah SAW wafat, kepemimpinan umat islam dipegang oleh Khulafair Rasyidin. Setelah peristiwa terbunuhnya khalifah Utsman bin Affan, masyarakat Arab kemudian meminta dan membaiat Ali bin Abi Thalib untuk menjadi pemimpin bagi mereka.
Kepemimpinan Ali adalah layaknya kepemimpinan Umar bin Khatab yang keras dan disiplin. Ada beberapa hal yang dilakukan Ali saat masa pemerintahannya yang berlangsung selama lima tahun yakni dari tahun 656 – 661 M, antara lain menghapus nepotisme dan memperluas pengaruh Islam ke dunia luar.
Ali bin Abi Thalib wafat saat usianya menginjak 63 tahun dan diketahui bahwa beliau meninggal karena dibunuh oleh Abdurrahman Bin Muljam yang merupakan anggota dari Khawarijmi atau kaum pembangkang pada tanggal 19 ramadhan, dan akhirnya Ali bin Abi Thalib RA menghembuskan nafas terakhirnya pada tanggal 21 Ramadhan pada tahun ke 40 hijriyah.