Menurut Haedar, almarhum memiliki penguasaan ilmu agama yang mendalam, khususnya di bidang tafsir. Beliau juga piawai dalam bertabligh yang mudah dicerna umat serta memiliki kepribadian sangat ramah dan mudah bersahabat.
"Beliau sangat hati-hati dalam bersikap sehingga seksama dan bijaksana," ucapnya.
Selama ini, Yunahar dikenal rutin mengajar tafsir di Gedung PP Muhammadiyah Yogyakarta dan Jakarta. Beliau juga ringan hati dan kerap mengisi pengajian di manapun tempatnya. Selain itu, almarhum juga telah meninggalkan sejumlah buku penting dan menulis tarikh di Suara Muhammadiyah secara rutin.
"Semoga khusnul khotimah dan semuanya menjadi amal jariyah yang terus mengalir baginya," tuturnya.
Ketua PP Muhammadiyah Agus Taufiqurrahman mengungkapkan, jika almarhum meninggal dalam persiapan cangkok ginjal. Kondisi kesehatannya terus menurun dan dirawat di ICU RS Sardjito.
"Prof Yunahar semula sedang persiapan cangkok ginjal. Namun kondisinya menurun kemudian dirawat di ICU," kata Agus yang selama ini mendampingi Yunahar.
Jenazah saat ini disemayamkan di Kantor PP Muhammadiyah Yogyakarta. Rencananya pada pukul 10.30 WIB akan dibawa ke Masjid Gedhe Kauman Yogyakarta dan dimakamkan di TPU Karangkajen, Yogyakarta pada pukul 13.00 WIB.