2. Singkawang
Terletak di Provinsi Kalimantan Barat atau tepatnya 145 km di sebelah utara Kota Pontianak, Singkawang menempati posisi kedua sebagai kota paling toleran. Berdasarkan IKT 2020 yang dikeluarkan Setara Institute, Singkawang memperoleh skor 6,450. Posisi ini turun dari peringkat IKT 2018 yang menempati posisi pertama.
Masyarakat Kota Singkawang dikenal dengan masyarakat multietnis. Etnis terbesar yang ada di Kota Singkawang adalah etnis Tionghoa, Dayak, dan Melayu. Selain itu, Singkawang juga memiliki penduduk dari berbagai suku dan etnis seperti Jawa, Sumatera, Madura, Ambon, dan Sulawesi.
3. Manado
Posisi ketiga ditempati Manado dengan skor IKT 6,200. Posisi ini naik satu peringkat dari tahun 2018. Tak hanya diakui oleh Setara Institute, Manado juga mendapatkan penghargaan dari Sindo Weekly Government Award sebagai kota paling toleran.
Pemerintah Kota Manado sangat menjunjung rasa toleransi dan kerukunan yang tegas. Hal ini dapat dilihat dari RPJMP Kota Manado 2016-2021 yang telah memuat secara dominan mengenai penguatan toleransi dan kerukunan umat beragama pada visi, misi, tujuan hingga strategi serta arah kebijakannya.
4. Tomohon
Kota Tomohon merupakan daerah hasil pemekaran Kabupaten Minahasa. Kota yang dijuluki Kota Bunga ini menempati posisi ke-4 sebagai kota toleran dengan skor 6,183. Hal ini membuat Kota Tomohon naik 4 peringkat dari urutan ke-8 pada IKT 2018. Pencapaian ini membuktikan Kota Tomohon senantiasa meningkatkan kualitas toleransinya.
5. Kupang
Kupang merupakan kota terbesar di kepulauan Timor yang terletak di pesisir Teluk Kupang bagian barat laut Pulau Timor. Pada Indeks Kota Toleransi 2020, Kota Kupang mendapatkan skor 6,037.
Pemerintah Kupang memberikan perhatian penuh terkait upaya pembangunan Kota Kupang menjadi Kota Kasih, yakni rumah persaudaraan bagi semua umat beragama. Diketahui, penduduk Kota Kupang terdiri atas berbagai suku yang mayoritas berasal dari etnis Tionghoa, Suku Sabu, Rote, Flores, dan Timor. Tak sedikit juga orang Jawa dan Bali yang memilih tinggal di sana.