"Kenangan dengan beliau banyak sekali. Beliau ini sering kita undang ya ke Pemprov untuk memberikan ceramah-ceramah. Tentu saja itu yang membikin pemerintah semangat dan dengan cara-cara yang benar," kenang Ganjar.
Pengasuh Ponpes Al-Muayyad Windan Kartasura itu menghembuskan nafas terakhir di Jakarta, Sabtu (1/12022) sekira pukul 17.30. Sebelum meninggal, kesehatan KH Muhammad Dian Nafi' sempat menurun setelah pulang ibadah haji tahun 2022. Beliau sempat dirawat di RS UNS dan RSUD Moewardi Solo.
Sejak tanggal 14 September 2022 beliau dirawat di RSPAD Gatot Soebroto Jakarta dan kondisinya sempat membaik. Tanggal 28 September 2022 almarhum diizinkan untuk rawat jalan dan tinggal di Jakarta ditemani oleh istrinya dan tiga santri. Almarhum juga diketahui memiliki riwayat sakit diabetes dan lambung.