Sekadar informasi, terdapat lima poin pertanyaan yang diajukan terhadap Ponpes Al-Zaytun. Empat pertanyaan merupakan titipan dari MUI Pusat, sedangkan sisanya berasal dari tim investigasi.
Adapun empat pertanyaan yang dititipkan MUI di antaranya terkait dengan kepercayaan sumber kitab yang menurut Panji bahwa kitab suci itu adalah kalam Rasulullah, bukan kalam Allah SWT.
Lalu, pertanyaan kedua mengenai tanah suci itu bukan di Makkah melainkan di Indonesia. Ketiga, berkaitan dengan penafsiran ayat di dalam Alquran. Kemudian, terakhir mengenai penafsiran tentang hubungan lawan jenis.