Proses pembangunan Masjid Kubah Emas memerlukan waktu sekitar 7 tahun. Pembangunan masjid ini dimulai pada tahun 2001 dan diresmikan tanggal 31 Desember 2006, bertepatan dengan Hari Raya Idul Adha. Penggunaan pertama Masjid Kubah Emas yaitu untuk melaksanakan Salat Ied tahun 1427 Hijriah.
Di atas tanah berukuran 8.000 meter persegi dengan luas total lahan 70 hektar, masjid ini didirikan. Daya tampungnya mencapai 20.000 orang. Halaman depannya, yang berukuran 45 x 57 meter, dapat memuat 8.000 orang. Hingga kini, kompleks Masjid Kubah Emas juga telah menjadi salah satu destinasi wisata religi di Depok, selain itu tentu saja sebagai tempat ibadah serta untuk melaksanakan berbagai aktivitas keagamaan sebagaimana fungsinya.
Masjid ini dibangun oleh pengusaha asal Banten bernama Dian Djuriah Maimun al-Rasyid. Nama Mahri yang disematkan pada nama masjid ini diambil dari nama salah satu anak Dian.
Dian merupakan seorang pengusaha asal Banten kelahiran tahun 1953. Beliau dikenal sebagai pengusaha yang sukses. Usaha yang dimiliki Dian dapat dikatakan cukup banyak, salah satunya usaha di bidang properti yang dirintisnya dari tahun 1980. Namun, Dian lebih banyak menghabiskan fokus usahanya di negara lain seperti Singapura, Malaysia, dan Arab Saudi.
Banyak orang mengenal Dian sebagai sosok pengusaha yang sukses. Tetapi dengan kesuksesannya itu, Dian tetap menjadi seorang yang dermawan dan gemar menolong anak yatim piatu serta membangun masjid. Total masjid yang dibangun Dian sekitar 1000 masjid dan tersebar di seluruh Indonesia termasuk Masjid Kubah Emas.