Seusai menikah, dia dikirim ayahnya ke Mekkah untuk menunaikan ibadah haji sekaligus memperdalam ilmu-ilmu ke-Islaman. KH Ahmad Sanusi belajar di Mekkah selama 7 tahun. Di sana KH Ahmad Sanusi mendapat gelar imam besar Masjidil Haram. Dia juga berguru kepada ulama-ulama terkenal, terutama dari kalangan Al-Jawi (Melayu).
Pada tahun 1915, KH Ahmad Sanusi pulang ke tanah air dan membantu ayahnya mengajar di Pesantren Cantayan. Setelah berjalan tiga tahun, dia mulai merintis pembangunan ponpes sendiri bernama Pesantren Babakan Sirna Genteng di Kampung Genteng, sebelah utara Desa Cantayan. Dengan pendirian pesantren itu dia dikenal dengan sebutan Ajengan Genteng.
Salah satu guru KH Ahmad Sanusi adalah Syeikh Muhammad Rasyid Ridla. Gurunya itu merupakan salah satu ulama pembaharu asal Mesir yang banyak mempengaruhi pemikiran KH Ahmad Sanusi.
Ketika belajar di Mekah, Kiai Ahmad Sanusi telah mengenal ide-ide pembaharuan dari Syeikh Muhammad 'Abduh, Syeikh Muhammad Rasyid Ridla, dan Jamaluddin Al-Afghani, melalui buku-buku dan majalah aliran pembaharuan di Mesir. Pengaruh pemikiran tersebut menjadikannya ulama pembaharu ketika pulang ke Indonesia.
Akan tetapi, dia tidak meninggalkan mahzabnya, KH Ahmad Sanusi tetap mengikuti mazhab Syafi'i sebagaimana yang dilakukan kedua gurunya, Syeikh Ahmad Khatib dan Syeikh Mukhtar At-Tarid. Bahkan di bidang ilmu fikih yang juga merupakan keahliannya, Kiai Sanusi terkenal sangat kritis terhadap dalam menentukan hukum Islam.