Keberadaanya sendiri identik dengan tokoh-tokoh penyebar agama Islam di Cirebon waktu dulu. Salah satunya menjadi tempat salat dan mengaji puteri Pangeran Cakrabuana, yakni Nyi Mas Pakungwati yang kemudian dipersunting menjadi istri Sunan Gunung Jati.
Saat ini, sisa kejayaan masa lalu masih sangat kentara dari beberapa benda peninggalan bersejarah yang ada. Di antaranya prasasti, mimbar dan tongkat kayu serta beberapa ukiran yang menjadi desain intererior masjid yang menunjukkan pola dan corak sebuah kerajaan. Benda-benda bersejarah itu masih tersimpan dan terawat dengan baik.
Fungsi masjid pun masih tetap seperti dulu, yakni tempat melaksanakan salat dan mengaji warga setempat. Termasuk saat Ramadan ini berbagai aktivitas keagamaan masih tetap berjalan, meski ada pembatasan-pembatasan akibat pandemi Covid-19.
"Kegiatan salat, ngaji atau tadarus di bulan Ramadan ini tetap ada, meskipun tidak seperti sebelum pandemi. Salat tarawih juga dilaksanakan di masjid ini," kata Jahidin, penjaga Masjid Pejlagrahan.
Dia mengaku bersyukur masih bisa merawat masjid bersejarah. Dengan perawatan yang teratur, masjid setua ini masih bisa berdiri kokoh dan berfungsi seperti di awal-awal pembangunannya. Begitu pula dengan biaya perawatan, dominan dilakukan oleh masyarakat setempat secara swadaya.