Pembangunan Masjid Agung Manonjaya bersamaan dengan pemindahan ibu kota kabupaten dari Pasirpanjang, sekarang Sukaraja, ke Manonjaya yang dulu bernama Harjawinangun.
Kompleks Masjid Agung Manonjaya berdiri di atas lahan seluas 6.159 meter persegi. Karena memiliki nilai sejarah, pemerintah sudah menetapkan bangunan Masjid Agung Manonjaya dengan luas 1.250 meter persegi menjadi cagar budaya berdasarkan ketetapan Badan Arkeologi merujuk kepada UU Kepurbakalaan pada 1 September 1975.
Arstiektur Masjid Agung Manonjaya ini kental bernuansa Neoklasik, khas bangunan di Eropa. Namun, terdapat perpaduan arsitektur tradisional Sunda di masjid agung ini. Arsitektur Sunda sangat terasa di ruang salat untuk perempuan, serambi (pendopo) di sebelah timur, dan mustaka (memolo) yang konon merupakan peninggalan dari Syekh Abdul Muhyi, ulama asal Pamijahan, Tasikmalaya Selatan.
Kekhasan lainnya dari masjid ini adalah keberadaan tiang saka guru yang berjumlah 10 buah. Konstruksi tiang-tiang saka guru tampak berbeda dibandingkan konstruksi serupa yang lazim ada di bangunan masjid-masjid masa lalu dan masa kini.
Jika Masjid Agung Demak menggunakan tiang saka guru dari kayu, sebaliknya tiang saka guru Masjid Agung Manonjaya menggunakan material pasangan batu bata.